Es lässt sich kein exaktes Gründungsdatum feststellen, aber es gab mit Sicherheit bereits in der Mitte des 18. Jahrhunderts eine Schule, die vom Küster betrieben wurde.
Die schriftliche und damit gewissermaßen amtliche Isenbütteler Schulchronik begann mit ihren Aufzeichnungen erst im Jahre 1825, als das Küsterhaus, das heutige Kirchengemeindehaus gegenüber dem Eingang der Kirche gebaut wurde. Hier befand sich nicht nur ein etwa 70 Quadratmeter großer Klassenraum, sondern auch die Wohnung des Lehrers, der seinerzeit neben seiner Lehrertätigkeit auch die Aufgaben des Küsters zu übernehmen hatte. Diese Verbindung zwischen Schul- und Kirchenamt hielt sich übrigens beinahe einhundert Jahre.
Isenbüttel war schon vor 200 Jahren eine große Gemeinde, daher gab es auch stets viele Schulkinder. So wurde bereits 1787 über den Bau einer zweiten Schulstelle nachgedacht, die aber erst 1862 eingerichtet werden konnte.
Ein zweites Schulgebäude, die sogenannte "Kleine Schule", wurde 1866 im Pfarrgarten in der Ringstraße erbaut. Dieses Gebäude ist heute noch erhalten.
1891 wurde die bis dahin zweiklassige Schule in eine dreiklassige umgewandelt. 1896 wurden in den beiden Isenbütteler Schulgebäuden 139 Kinder von nur zwei Lehrern unterrichtet.
Diese Verhältnisse änderten sich erst nach dem 2. Weltkrieg. Am 31. Dezember 1946 hatte die Schule bereits 222 Schüler, denen jedoch nach wie vor nur zwei Lehrer zur Verfügung standen. 1947 wurde endlich eine dritte Lehrerstelle genehmigt.
Die Raumnot indessen stieg unaufhörlich, der Unterricht wurde sogar in zwei Abteilungen vor- und nachmittags erteilt.
Als die Schülerzahl 1949 auf 309 angestiegen war, wurde ein dritter Klassenraum im alten Gutshaus eingerichtet. Weitere Behelfsklassenräume entstanden zudem im Pfarr- und Küsterhaus.
Erst am 01.11.1955 wurde dann der 1. Bauabschnitt der neuen Schule mit sechs Klassenräumen an der Schulstraße eingeweiht.